2002 m. Vilniaus universiteto Medicinos fakulteto pediatrijos padaliniai buvo sujungti į vieną Vaikų ligų kliniką ir Vilniaus miesto universitetinėje ligoninėje įkurtas Bendrosios ir ambulatorinės pediatrijos centras, 2007 m. pavadintas VšĮ VMKL Vaikų ligų klinika.
Senojo Vilniaus universiteto Medicinos fakultete Vaikų ligų katedros nebuvo, bet vaikų sveikatos problemas tyrė kai kurie mokslininkai: prof. A. Sniadeckis parašė knygą „Pastabos apie fizinį vaikų auklėjimą” (1805 m., lenkų kalba); pasiūlė gaivinimo metodą „iš burnos į burną”; nustatė įgimtų ir įgytų organizmo ypatybių ryšį – „hiatus geneticus”; prof. J. Frankas 1805 m. įsteigė Vilniaus medicinos draugiją; 1808 m. Vilniuje įkūrė Vakcinacijos institutą, organizavo skiepijimą nuo raupų; 1809 m. įsteigė Motinystės institutą; 1811 m. parašė ir išleido daugiatomį „Praktiniai medicinos patarimai” (lotynų kalba) – yra skyrius apie vaikų infekcines ligas; J. Šimkevičius 1802 m. baigė VU MF; buvo caro Aleksandro I leibmedikas; 1810 m. išleido pirmąjį Lietuvoje originalų pediatrijos vadovėlį „Mokslas apie vaikų ligas” (lenkų kalba).
1832 m. Rusijos caras uždarė VU kaip maišto židinį; jo vietoje įkurta Medicinos-chirurgijos akademija. Šioje akademijoje paskaitas apie kai kurias vaikų ligas skaitė prof. M. Mianovskis.
1842 m. Rusijos caras taip pat uždarė Vilniaus medicinos-chirurgijos akademiją. 1919 m. lenkų legionierių okupuotame Vilniuje atkurtas Stepono Batoro universitetas. 1922 m. Vilniaus universitete pirmą kartą įkurta Vaikų ligų katedra. Pirmasis jos vedėjas buvo prof. V. Jasinskis.
1922 m. prof. V. Jasinskis įsteigė pirmąją VU Vaikų ligų katedrą; 1924 m. – Vilniaus pediatrų draugiją; Druskininkuose įkūrė vaikų sanatoriją (dabar – „Saulutė”); redagavo tritomį pediatrijos vadovą.
Pirmoji VU Vaikų ligų katedros bazė nuo 1923 m. – Vilniaus karo ligoninė Antakalnyje.
Pirmoji Lietuvoje vaikų ligoninė įkurta 1906 m. Vilniuje, Žvėryne, – Vaikų infekcinė ligoninė (dabartinėje Birutės g.).
Pirmoji lietuviška Vaikų ligų katedra VU įkurta 1944 m. Jos įkūrėjas – doc. Petras Baublys. 1941–1944 m., dirbdamas Kauno kūdikių namų direktoriumi, jis gelbėjo vokiečių okupantų persekiojamų šeimų vaikus; buvo Lietuvos SAM vyr. pediatras; paskelbė per 150 spausdintų darbų; jam vadovaujant 1962 m. išleistas pirmasis „Vaikų ligų” vadovėlis lietuvių kalba; nuo 1965 m. P. Baublys vadovavo Lietuvos pediatrų mokslinei draugijai.
Vadovaujant doc. P. Baubliui 1962 m. parengtas pirmasis originalus „Vaikų ligų“ vadovėlis Lietuvoje lietuvių kalba.
1944–1950 m. VU Vaikų ligų katedra veikė Vilniaus m. III ligoninėje; 1950–1958 m. – Vaikų ligoninėje Vytauto g. 15 (dabar – VU Vaiko raidos centras).
1959 m. VU Medicinos fakultete įsteigtas Pediatrijos skyrius, o 1966 m. išleista pirmoji gydytojų pediatrų laida.
1965 m. VU MF Vaikų ligų katedra sujungta su Infekcinių ligų katedra (vedėjas – prof. P. Čibiras).
1966 m. atkurta savarankiška Vaikų ligų katedra. Jos vedėja prof. Liudmila Steponaitienė vadovavo vadovėlio „Vaikų ligos” (1976) rengimui; parašė nemažai monografijų („Vaikų lytinis brendimas”, 1971 m.; „Vaikas auga”, 1965, 1969 m., ir kt.). Ji buvo pirmoji pokario laikų pediatrijos profesorė (1973 m.).
1973 m. vykdydami tarnybinę užduotį, lėktuvo katastrofoje žuvo prof. L. Steponaitienė, doc. P. Baublys ir doc. R. Lučinskas.

Nuo 1974 m. VU MF Vaikų ligų katedrai vadovavo prof. P. Šimulis. Jis parašė apie 180 mokslinių darbų; išleido daug monografijų („Širdies ydos”,1978 m.; „Jauniems tėvams” (3 laidos), „Pediatro žinynas”, 1985 m.; „Vaikų kardiologija”, 1992 m.); buvo ilgametis Vilniaus pediatrų draugijos pirmininkas; vadovavo Vilniaus medicinos draugijai.
1977 m. įkurta VU Gydytojų tobulinimo fakulteto Pediatrijos katedra (vedėjas – prof. P. Šimulis) ir VU Medicinos fakulteto Vaikų ligų katedra (vedėjas – prof. A. Raugalė).
Reformuojant VU Medicinos fakultetą, 1990 metais įsteigtos šios pediatrijos klinikos, katedros ir centrai: Vaikų ligų klinika (vedėjas – prof. A. Raugalė); Neonatologijos klinika (vedėjas – prof. V. Basys); Vaikų infekcinių ligų klinika (vedėjas – prof. V. Usonis); Vaikų chirurgijos klinika (vedėjas – prof. J. Gradauskas); Pediatrijos centras (vedėjas – prof. P. Kaltenis); Pediatrijos katedra (vedėjas – prof. P. Šimulis).
1991 m. įkurtos universitetinės ligoninės, tarp jų – Vilniaus miesto universitetinė ligoninė ir Respublikinė Vilniaus universitetinė Vaikų ligoninė (nuo 2003 m. – Vilniaus universiteto Vaikų ligoninė), kuriose veikė pediatrijos padaliniai.
Toliau reformuojant VU Medicinos fakultetą, 2002 m. visi VU MF pediatrijos padaliniai sujungti į vieną Vaikų ligų kliniką (vadovas – prof. A. Raugalė), joje įsteigti centrai: Pediatrijos centras (vedėjas – prof. V. Usonis); Vaikų chirurgijos centras (vedėjas – prof. B. Siaurusaitis, dabar – doc. K. Trainavičius); Bendrosios ir ambulatorinės pediatrijos centras (vedėjas – prof. A. Raugalė); Neonatologijos centras (vedėja – doc. N. Drazdienė); mokslo sektorius (vadovė – v. m. b. dr. B. Skerlienė).

Nuo 2012 m. iki 2018 m. Vaikų ligų klinikos vadove buvo doc. Odeta Kinčinienė.

VMKL Vaikų ligų klinikos moksliniai laimėjimai:

1992 m. Nacionalinė premija suteikta prof. A. Raugalei už vadovėlį „Klinikinė pediatrinė farmakologija“; 1994 metų LR mokslo premijos laureato vardas už darbų ciklą „Vaikų ligų klinika, diagnostika, gydymas, profilaktika (1973–1993)“ suteiktas VšĮ Vaikų ligų klinikos vadovui profesoriui A. Raugalei (kartu su bendradarbiais). Vaikų ligų klinikos darbuotojai išleido 16 vadovėlių ir 44 monografijas.
m. LR Švietimo ir mokslo ministerija suteikė premiją už „Vaikų ligų“ vadovėlio I tomą VU MF Vaikų ligų klinikos dėstytojams: prof. A. Raugalei, doc. V. Bačiuliui, prof. V. Basiui, doc. N. Drazdienei, dr. I. L. Indrėjaitytei, asist. O. Kinčinienei, doc. L. Ragelienei, doc. M. Rudzikienei, doc. J. Sadauskui, doc. N. Tilindienei, doc. R. Urbonavičienei, prof. A. Valiuliui, doc. V. Žilinskaitei. 2004 m. LR Švietimo ir mokslo ministerija suteikė premiją už „Vaikų ligų“ vadovėlio II tomą VU MF Vaikų ligų klinikos dėstytojams: prof. A. Raugalei, dr. I. L. Indrėjaitytei, asist. O. Kinčinienei, doc. M. Rudzikienei, doc. J. Sadauskui, doc. R. Urbonavičienei, doc. V. Žilinskaitei, doc. V. Bačiuliui, doc. V. Panavienei, doc. V. Urbonui. 2005 m. LR Švietimo ir mokslo ministerija suteikė premiją už „Vaikų ligų“ vadovėlio III tomą VU MF Vaikų ligų klinikos dėstytojams: prof. A. Raugalei, doc. V. Bačiuliui, prof. P. Kalteniui, dr. R. Kemežiui, doc. L. Ragelienei. 2006 m. LR Švietimo ir mokslo ministerija suteikė premiją už „Vaikų ligų“ vadovėlio IV tomą prof. A. Raugalei.
Vaikų ligų klinikos profesoriai ir docentai yra mokslinių draugijų pirmininkai: prof. A. Raugalė – Lietuvos vaikų kardiologų draugijos pirmininkas; prof. A. Valiulis – Lietuvos vaikų pulmonologų draugijos pirmininkas, Lietuvos pediatrų draugijos valdybos pirmininkas; doc. R. Ėmužytė – Lietuvos alergologų ir klinikinių imunologų draugijos pirmininkė; prof. P. Kaltenis – Lietuvos vaikų nefrologų draugijos pirmininkas; doc. V. Žilinskaitė – Lietuvos vaikų reanimacijos ir intensyviosios terapijos gydytojų draugijos pirmininkė; doc. L. Ragelienė – Lietuvos vaikų hematologų draugijos pirmininkė; doc. V. Urbonas – Lietuvos vaikų gastroenterologų draugijos pirmininkas; dr. K. Saniukas – Lietuvos vaikų ortopedų ir traumatologų draugijos prezidentas; doc. N. Drazdienė – Vilniaus pediatrų draugijos pirmininkė.
Mokslinių žurnalų vyriausieji redaktoriai prof. A. Raugalė – žurnalo „Pediatrija“ vyriausiasis redaktorius, ir prof. A. Valiulis – žurnalo „Vaikų pulmonologija ir alergologija“ vyriausiasis redaktorius.
Vaikų ligų klinika bendradarbiauja su Londono karališkąja Bromptono ligonine, Geteborgo universitetu, Oslo universitetu, Luleo (Švedija) universitetu, Turino cistinės fibrozės centru, Hudingės (Švedija) cistinės fibrozės centru, Antverpeno universitetu, Berlyno universiteto Buch klinika, Švedijos Karolinskos universitetu, Suomijos Helsinkio universiteto Vaikų hematologijos klinika, Lenkijos Vroclavo medicinos akademija, Rygos medicinos akademija, Tartu medicinos universitetu, Tamperės (Suomija) universiteto ligonine, Umeos (Švedija) universiteto ligonine, Odensės (Danija) universiteto ligonine, Briuselio Šv.Luko universiteto ligonine, Freiburgo universiteto Vaikų ligų klinikos medžiagų apykaitos tyrimo laboratorija.
Kasmetine Vilniaus medicinos draugijos premija už įdiegtą į praktiką mokslinį darbą apdovanoti šie VšĮ VMUL Vaikų ligų klinikos darbuotojai: 1997 m. – doc. V. Žilinskaitė ir dr. M. Gutauskas; 1998 m. – dr. I. L. Indrėjaitytė; 2001 m. – prof. A. Raugalė.
VMUL Vaikų ligų klinikoje šiuo metu veikia 1-asis ir 2-asis vaikų ligų skyriai, Vaikų reanimacijos ir intensyviosios terapijos skyrius; pagal atskirą sutartį bendradarbiaujama su Vilniaus centro poliklinika.