Pirmosios Lietuvoje akušerijos ir ginekologijos įstaigos - Gimdymo skyrius ir Akušerijos mokykla, Akušerijos katedra, Akušerijos ir ginekologijos klinikos - buvo įkurtos XVIII a. pabaigoje - XIX a. pradžioje. Mokslinės akušerijos Lietuvoje pradininkas buvo N. Renje (Nicolaus Regnier (1746-1800). Po profesoriaus N. Renje mirties, 1803 m. Vilniaus universitete buvo įsteigta Akušerijos katedra, kuriai vadovavo prof. A. Matusevičius (1760-1816).

1809 m. Vilniuje buvo įkurtas Motinystės institutas. Jo įkūrėjas buvo profesorius Jozefas Frankas. Tai buvo pirmoji tokio pobūdžio institucija Europoje ir vienas svarbiausių prof. J. Franko darbų, skirtų Lietuvos medicinai. Motinystės institutas teikė medicinos ir materialinę pagalbą neturtingoms motinoms, našlaičiams, gimdyvėms. Per 1809–1811 metus institutas pagelbėjo 398 motinoms. Pirmoji Motinystės instituto prezidentė buvo Vilniaus generalgubernatoriaus Levino A. G. Benigseno žmona. Prof. J. Frankas artimai bendravo su Edvardu Dženeriu (Jenner), vakcinos išradėju. Ši draugystė lėmė kitą svarbų Lietuvos medicinos istorijoje įvykį – 1808 m. Vilniuje J. Frankas įkūrė vieną pirmųjų Europoje Vakcinacijos institutą.

Nuo 1817 m. Akušerijos katedros Medicinos fakulteto dekanu tapo profesorius Mikalojus Mianovskis.

Pirmąją Cezario pjūvio operaciją Lietuvoje 1896 m. Vilniuje atliko gydytojas Emanuelis Kanas.

Vilniaus universiteto Akušerijos ir ginekologijos kliniką 1922 m. įkūrė profesorius Tadeušas Burdzinskis (1868–1925). Iš Vilniaus medicinos draugijos nupirkus pastatą Radvilų gatvėje (buvusi „Raudonojo kryžiaus“ ligoninė), Medicinos fakulteto klinika tapo vienintele, turinčia savo patalpas.

Nuo 1925 m. Vilniaus universiteto Akušerijos ir ginekologijos katedrai keturiolika metų vadovavo profesorius Vladislovas Marianas Jakovickis (1885–1939). Jis taip pat buvo Vilniaus ginekologų draugijos prezidentas.

Akušerija yra viena  pirmųjų ir seniausių medicinos disciplinų, dėstomų VU nuo 1781 metų. Jos atsiradimas Vilniaus universitete buvo didelis to meto įvykis, pradėjęs moterų ir vaikų medicinos priežiūros, studentų rengimo ir mokslo pažangą. 

1958 m. Akušerijos ir ginekologijos klinika buvo įkurta Antakalnyje, naujai pastatytoje Vilniaus miesto klinikinėje ligoninėje.

Pirmuoju ligoninės direktoriumi tapo gydytojas akušeris ginekologas Stasys Trepšys, kurį su didele pagarba ir šiandien mini vyresnės kartos kolegos. Pavaduotoja akušerijai ginekologijai buvo paskirta gydytoja akušerė ginekologė Danutė Mažonytė. Akušerijos ir ginekologijos katedrai ėmė vadovauti Vytautas Baronas (1902-1990), buvęs profesoriaus Prano Mažylio asistentas. V. Baronas 1938-1939 m. stažavosi Šveicarijoje, Ciuricho universiteto Moterų klinikoje, Vokietijoje – Berlyno universiteto Moterų klinikoje pas įžymų mokslininką ginekologą V. Štekelį (W. Stoeckel). Persikėlęs į Vilnių 1939 m. V. Baronas dirbo klinikinį ir organizacinį darbą Vilniaus ligoninėse, o nuo 1939 m. iki 1944 m. buvo Vilniaus akušerijos mokyklos (Šv. Jokūbo ligoninė) direktorius. Patyręs, energingas gydytojas V. Baronas 1944 m. buvo paskirtas Vilniaus universiteto Akušerijos ir ginekologijos katedros vedėju. V. Baronas buvo  puikus diagnostas. Studentams jis mėgdavo sakyti: „qui bene diagnoscit, bene curat“ („kuris gerai diagnozuoja, gerai gydo“). 1957 m. V. Baronas apgynė disertaciją „Gimdymo pagalbos raidos Lietuvoje klausimu“, 1960 m. jam suteiktas docento vardas. Doc. V. Baronas daug nuveikė plėtodamas Lietuvoje gydytojų ginekologų praktinę ir mokslinę veiklą, organizavo studentų akušerijos ir ginekologijos mokslinį būrelį, padėjo rengti studentų konferencijas. Gausiame doc. V. Barono mokinių būryje – žymūs Lietuvos moterų gydytojai ir pedagogai: P. Steponėnas, P. Skruibis, A. Venckauskas, A. Šaulauskienė, O. Račkauskienė, D. Pareigytė, D. Mažonytė, L. Maleckas, L. Šveistytė ir daugelis kitų. Naujai pastatytoje ligoninėje – Vilniaus klinikose – buvo geros darbo sąlygos, erdvios patalpos, didelė 200 vietų auditorija.

Ginekologijos skyriaus branduolį sudarė jauni, energingi specialistai: gydytojos Ieva Stoškutė, Zinaida Šaltytė, Alina Šaulauskienė, Irena Durgolcienė, vyresnioji medicinos sesuo Salomėja Babanova, operacinės sesuo Valerija Sarkienė. Skyriui vadovavo gydytoja akušerė ginekologė Donata Pareigytė. Šešiasdešimties vietų skyriuje buvo gydomos endokrininės ligos, nevaisingumas, mergaičių ginekologinės patologijos, tiriama kiaušidžių funkcija. 1968 m. 110 vietų skyrius padalintas į du: 60 lovų Operacinį ir 50 lovų Konservatyviosios ginekologijos. Antrojo skyriaus vedėju paskirtas doc. Jonas Stankus.

Akušerijos skyriui ėmė vadovauti gydytoja Ieva Stoškutė, vyresnioji medicinos sesuo buvo Elvyra Domeikienė, kurią 1972 m. pakeitė Marija Piurko. Pirmieji naujagimiai skyriuje gimė 1959 metų vasario 12 dieną. Juos į pasaulį atvedė gyd. Aleksandras Venckauskas ir akušerė Marija Stankevičiūtė. 1964 m. A. Venckausko ir I. Stoškutės iniciatyva Akušerijos skyriuje įsteigtas pirmasis intensyvaus nėščiųjų stebėjimo kabinetas. Jame veikė naujausia to meto diagnostikos aparatūra. Šiame skyriuje kabinete dirbo akušerė R. Malaškevičienė.

Į doc. V. Barono vadovaujamą katedros dėstytojų kolektyvą buvo priimti A. Gamperis, P. Steponėnas, P. Skruibis, A. Venckauskas, O. Račkauskienė, A. Šaulauskienė. Doc. Anatolijus Gamperis (1908-1986) dirbo ne tik praktinį, bet ir pedagoginį darbą (net 53 metus) Vilniaus universitete. Doc. Pranas Skruibis (1924-1997) 1971 m. apgynė disertaciją apie nevaisingumą esant gimdos miomoms. Nuo 1958 m. jis buvo renkamas į Lietuvos akušerių ginekologų draugijos valdybą, 24 metus vadovavo Vilniaus krašto akušerių ginekologų draugijos veiklai. 1979 m. doc. P. Skruibiui buvo suteiktas Lietuvos nusipelniusio gydytojo garbės vardas. Doc. P. Skruibis – kiaušintakių plastinių operacijų, šalinant negimdinį nėštumą, pradininkas Lietuvoje, puikus dėstytojas, mylimas kolegų ir studentų. Doc. Olga Račkauskienė priimta į katedrą 1963 m., 1975-iais apgynė disertaciją apie nėščiųjų vėmimo gydymą. Docentė O. Račkauskienė 11 metų dirbo Lietuvos sveikatos apsaugos ministro pavaduotoja motinos ir vaiko sveikatos apsaugai.

1969-1979 metais Akušerijos ir ginekologijos katedrai vadovavo docentas Povilas Steponėnas (1915-1981). Per dešimt vadovavimo katedrai metų klinikoje įdiegta naujų gydymo ir diagnostikos metodų: termoplacentografija, transabdomininė amniocentezė, biocheminiai vaisiaus vandenų tyrimai, ultragarsinė diagnostika akušerijoje. Jis pirmasis atliko pakeičiamąjį kraujo perpylimą naujagimiui, pirmasis Lietuvoje persodino nėščiai žmonai vyro odos lopą, jis kartu su doc. Jonu Stankumi 1969 m. įvedė klinikoje programuoto gimdymo taktiką. Doc. P. Steponėnas yra vienas nėščiųjų rizikos veiksnių klasifikacijos Lietuvoje iniciatorių ir autorių. Puikus akušeris ir ginekologas, įdiegęs racionalius moters lyties organų operacijų metodus gimdos kaklelio vėžio ir gimdos kaklelio nepakankamumo atvejais, atvykdavęs į kliniką bet kuriuo metu prasidėjus komplikacijai, tęsęs savo mokytojo docento Kazio Katiliaus darbo tradicijas, nuolat ieškojęs naujovių – tokį jį prisimena buvę mokiniai. Doc. P. Steponėno iniciatyva buvo įkurtas pirmasis Lietuvoje mergaičių ginekologijos kabinetas, kuriam vadovauti pats parengė gabią savo mokinę G. Gaškienę-Rotomskienę. Doc. P. Steponėnas buvo puikus pedagogas, gydytojų tobulinimosi ciklų kuratorius. Šį darbą dirbo su meile iki paskutinių savo gyvenimo dienų. Lietuvos moterų gydytojų ir pedagogų būryje yra daug jo mokinių: B. Domža, A. Šaulauskienė, O. Račkauskienė, J. Ališauskas, I. Stoškutė, V. Lapšytė, Z. Šaltytė, B. Narbutienė ir daugelis kitų.

1962 m. Medicinos fakultete ėmė veikti gydytojų tobulinimosi kursai. Akušerijos ir ginekologijos katedroje pirmoji kursantų laida buvo 1963 m. Į doc. P. Steponėno vadovaujamą katedrą priimta naujų dėstytojų – B. Domža, J. Stankus, J. Ališauskas, G. Drąsutienė. Doc. J. Stankus – žinomas šalyje moterų, nėščiųjų ir gimdyvių sepsinių ligų gydymo specialistas ir konsultantas.

Profesorius Aleksandras Venckauskas (1923-2004) dirbo Akušerijos ir ginekologijos klinikos vedėju 1979-1990 m. 1974 m. jis apgynė habilituoto daktaro disertaciją apie perinatalinės patologijos diagnostiką ir profilaktiką užsitęsus nėštumui. 1979 m. jis tapo profesoriumi. Prof. A. Venckauskas pelnytai yra laikomas perinatalinės medicinos pradininku Lietuvoje.

Vadovaujant prof. A.Venckauskui, katedros ir klinikos kolektyvas daugiausia dėmesio skyrė aktualiausiai tuo metu perinatalinio mirtingumo mažinimo Lietuvoje problemai. Įdiegtos naujos nėščiųjų ir vaisiaus būklės tyrimų ir gydymo technologijos: vaisiaus fonoelektrokardiografija, kardiotokografija, amnioskopija, ultragarsinė diagnostika (nėščiųjų atrankos principu) ir kt. Klinikos Akušerijos skyriuje organizuotas nėščiųjų intensyvios priežiūros kabinetas, naujagimių intensyvios priežiūros ir gydymo palatos, aprūpintos modernia medicinos technika. Universiteto ir Sveikatos apsaugos ministerijos lėšomis įsigyta naujos medicinos aparatūros, todėl suintensyvėjo katedros mokslinė veikla, pagerėjo akušerinė ir ginekologinė pagalba – diagnostika, gydymas, profilaktika.

1979 m. katedra įsigijo importinių ultragarsinės diagnostikos aparatų. 1982 m. įsigyta keletas Japonijos Aloka firmos prietaisų. Tuo metu VU Akušerijos ir ginekologijos klinika buvo geriausia Lietuvoje ultragarsinės diagnostikos technika aprūpinta gydymo įstaiga.

Ultragarsinės diagnostikos kabinete (vadintame laboratorija) prie katedros dirbo jaunų entuziastų grupė: J. Ališauskas, J. Kurmanavičius, P. Sladkevičius, A. Vaitkuvienė, G. Drąsutienė, N. Volkovas, M. Kublickas. Ultragarso laboratorija teikė konsultacijas ne tik klinikos skyrių, moterų konsultacijų pacientėms, bet ir viso Vilniaus miesto, Panevėžio ir kitų Lietuvos miestų nėščiosioms ir ginekologinėms ligonėms. Vidutiniškai kasmet buvo atliekama 10 000 echoskopijų. Katedros vedėjo prof. A. Venckausko iniciatyva 1983 m. Vilniuje pradėtas privalomas visų nėščių moterų echoskopinis tyrimas du kartus per nėštumo laiką.

Nuo 1984 m. VU Gydytojų tobulinimosi fakultete numatyti vieno mėnesio trukmės ultragarsinės diagnostikos kursų ciklai. Profesorius savo paskaitose rėmėsi mokslo laimėjimais, visuomet buvo prieš antimokslinę, alternatyvinę gimdymo pagalbą. Daug dėmesio skyrė moterų konsultacijų institucijai (pats ilgus metus dirbo jose), manė moterų konsultaciją esant pagrindine akušerinės patologijos, perinatalinio mirtingumo ir gimdos kaklelio vėžio profilaktikos grandimi.

Per 10 metų (1981-1990 m.) parengta ir apginta (daugiausia perinatologijos tematika) 8 disertacijos. Šie katedros disertantai buvo pirmieji šalyje tyrę ultragarsu: J. Ališauskas – vaisiaus hipotrofiją, J. Kurmanavičius – vaisiaus kvėpavimo judesius, A. Vaitkuvienė – placentos migracijos fenomeno reikšmę, N. Volkovas – krūtų patologiją po gimdymo, P. Sladkevičius – motinos, placentos, vaisiaus sistemos kraujotakos doplerometrinius parametrus, V. Drejerienė – neišnešiotų naujagimių galvos smegenų patologiją.

Tau buvo moksliniais tyrimais pagrįstos vaisiaus medicinos pradžia Lietuvoje.

Katedra organizavo Vilniuje tris simpoziumus, kuriuose dalyvavo ir užsienio mokslininkai. 1981 m. įvyko simpoziumas „Ultragarsinės diagnostikos panaudojimas akušerijoje ir ginekologijoje”, skirtas VU Medicinos fakulteto 200 metų jubiliejui; Vilniuje kartu vyko tarptautinė ultragarso aparatūros paroda. 1984 m. simpoziumo tema „Kardiotokografija akušerinėje praktikoje”, 1987 m. –  „Ultragarsinė diagnostika akušerijoje, ginekologijoje ir neonatologijoje” (kartu vyko tarptautinė medicinos technikos paroda).

Prof. A. Venckauskas, dirbęs Akušerijos ir ginekologijos klinikoje Vilniaus m. universitetinėje ligoninėje nuo pat šios ligoninės atidarymo, daug dėmesio skyrė naujagimių skyriui. Pirmoji vedėja buvo Birutė Ambrozaitienė, ją pakeitė 1963–1973 m. Gražina Navakauskienė, o nuo 1973 m. šiam skyriui vadovavo Kotryna Leokadija Jusionienė. Skyrius visapusiškai išaugo. Jame ėmė dirbti med. dr. Nijolė Drazdienė, med. dr. Violeta Drejerienė, Kristina Razmuvienė, Rūta Klimienė. Nuo 1990 m. skyriui vadovavo doc. N. Drazdienė, nuo 2007 m. – V. Drejerienė. Šiame skyriuje dirbo medicinos seserys Julija Kazickienė, kiek vėliau ėmė dirbti Rita Jasiulionienė, Danutė Kuodienė, Adelė Leišytė ir kt.

1990-1993 m. Akušerijos ir ginekologijos katedrai, vėliau Moterų klinikai vadovavo doc. Jonas Ališauskas – ginekologinės echoskopijos pradininkas Lietuvoje. Jis įdiegė į klinikinę praktiką choriono biopsiją, transabdomininę amniocentezę, pirmasis Lietuvoje atliko intrauterinę kraujo transfuziją vaisiui, buvo vienas kordocentezės iniciatorių (kartu su doc. A. Arlauskiene ir doc. N. Drazdiene). Vadovaujant doc. J. Ališauskui, klinikoje padaryta nemažai reformų: pakeista skyrių struktūra, 1992 m. įkurtas Perinatologijos centras, 1992 m. klinikos pavadinimas pakeistas į Moterų kliniką. Moterų klinikai suteikta aukščiausia kategorija.

Docentė Alina Šaulauskienė vadovavo Moterų klinikai 1993-1994 m. 1968 m. ji apgynė disertaciją apie elektrolitų koncentracijos pokyčius nėščiųjų kraujyje hipertenzinių būklių atvejais. Puiki pedagogė, savo patirtį mielai dalijusi savo mokiniams, nuolat pasiruošusi padėti jaunesniems kolegoms – tokia ji liko iki šių dienų.

1994-2013 m. Akušerijos ir ginekologijos klinikai vadovavo profesorė Gražina Drąsutienė. Akušerijos ir ginekologijos klinikoje veikia Gimdymo, Akušerijos, Akušerijos patologijos, Ginekologijos ir Naujagimių skyriai. Uždarius Vilniuje Šv. Jokūbo ligoninę, 2003 m. klinikos kolektyvą papildė kolegos iš šios ligoninės. Akušerijos ir ginekologijos klinikoje dirba gausus būrys patyrusių gydytojų – skyrių vedėjai Ričardas Daunoravičius, Romoaldas Juršėnas, Danutė Lištvanienė, Violeta Drejerienė, Gediminas Mečėjus. Klinikoje vyksta Medicinos fakulteto vientisosios ir podiplominės studijos – internatūra ir rezidentūra, kvalifikaciją kelia Lietuvos gydytojai akušeriai ginekologai. Savo žinias jauniesiems perduoda docentai Bronius Domža, Audronė Arlauskienė, Jolita Zakarevičienė, lektorius Gediminas Mečėjus, patyrę gydytojai A. Janušauskienė, J. Petrulevičienė, J. Masiliūnienė, akušerės M. Piurko, N. Čiapienė, R. Malaškevičienė.

Atkūrus Lietuvoje nepriklausomybę, Akušerijos ir ginekologijos klinikoje vyko intensyvus mokslinis darbas, disertacijas apgynė J. Zakarevičienė, G. Mečėjus, D. Ramašauskaitė, D. Laužikienė, Ž. Kasilovskienė, M. Šilkūnas, D. Bartkevičienė.

Nuo 2002 m. Akušerijos ir ginekologijos klinikose ėmė veikti Vilniaus perinatologijos centras. Įkurtas konsultacijų kabinetas, kuriame kasmet konsultuojama 2500-3000 didelės rizikos nėščiųjų. Ultragarsinio tyrimo metu modernia aparatūra matuojamos vaisiaus kūno dalys, vertinamas jų augimas, vaisiaus kvėpavimo judesiai, širdies veikla, placentos būklė, vaisiaus vandenų kiekis. Vaisiaus ir placentos kraujotaka vertinama remiantis Doplerio efektu.

Vilniaus universiteto Akušerijos ir ginekologijos klinika, kurioje konsultuojamos ir gydomos sunkiai sergančios didelės rizikos nėščiosios, gimdyvės ir jų naujagimiai, yra gera bazė studentams, keliantiems kvalifikaciją gydytojams, internams ir rezidentams. Čia kartu su Vaikų ligų klinikos Neonatologijos centru nagrinėjamos perinatalinių mirčių priežastys, teikiami duomenis naujagimių duomenų bazei. Vilniaus perinatologijos centro veikla, aukšta čia dirbančių medikų kvalifikacija lėmė ryškų šalies socialinę ir ekonominę raidą atspindinčių rodiklių – perinatalinio, kūdikių mirtingumo ir sergamumo – sumažėjimą.

Nuo 2013 m. Akušerijos ir ginekologijos klinikai pradėjo vadovauti patyręs gydytojas akušeris ginekologas Ričardas Daunoravičius. Šiandien Vilniaus miesto klinikinės ligoninės Akušerijos ginekologijos klinika yra viena didžiausių mūsų šalyje. Čia kasmet pasaulį išvysta apie 3500 naujagimių, čia gydomos ir gimdo sunkiai sergančios nėščiosios, Ginekologijos skyriuje kasdien atliekamos procedūros ir sudėtingos operacijos moterų patologinių būklių atvejais, čia moterys gydomos ir prižiūrimos taikant optimaliausius, šiuolaikinius, mažai invazinius gydymo metodus, naudojantis aukščiausiomis medicinos technologijomis.